Di tingkat internasional, ia mewakili Brunei Darussalam. Ia bermain terutama sebagai Penjaga gawang. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 10K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Brunei DPMM FC II ke Kasuka FC pada 2025-08-01.

Di Asian Cup 2027, Muhammad Jefri Syafiq bin Ishak bermain dalam 2 pertandingan, dengan rata-rata 0 intersepsi, 0 tekel, dan 0 sapuan per pertandingan.