Atualmente joga pelo Cancún FC, com a camisa número 3. Atua principalmente como Defensor. Medindo 177cm e pesando 76kg. Valor de mercado atual: 250K €.

Última movimentação: do Pioneros de Cancún para o Cancun FC em 2023-12-31.

Na Ascenso MX 2025-2026, Jonathan Hernandez jogou 20 jogos, com média de 0 desarmes, 0 interceptações e 0 limpadas por jogo, além de 0 chutes bloqueados.