Actualmente juega para el Real Betis Sub-19, con el dorsal 15. Juega principalmente en la posición de Defensor.

Durante la temporada 2025-2026 de la Liga Juvenil de la UEFA, Jean Emmanuel N'Agoran participó en 6 partidos, con un promedio de 0.3 entradas, 0.5 intercepciones y 1.3 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.