Actualmente juega para el Real España, con el dorsal 5. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su pie preferido es el Derecho. Su valor de mercado actual se estima en 300K €.

Su último movimiento fue un Fichaje Libre del al Real Espana el 2017-12-31.

Durante la temporada 2025-2026 de la Primera División de Honduras, Franklin Flores participó en 26 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.