Actualmente juega para el Cancún FC, con el dorsal 3. Juega principalmente en la posición de Defensor. Mide 177 cm y pesa 76 kg. Su valor de mercado actual se estima en 250K €.

Su último movimiento fue un del Pioneros de Cancún al Cancun FC el 2023-12-31.

Durante la temporada 2025-2026 de la Ascenso MX de México, Jonathan Hernandez participó en 20 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0 despejes por partido, además de bloquear 0 tiros por partido.